Более тёмные участки на краске в тех местах, где я ранее наносил шпаклёвку

Я бы подождал пару дней, чтобы убедиться, что шпатлёвка (которая, возможно, впитала воду из краски) полностью высохла и цвет совпадает. Но поскольку вы не загрунтовали шпатлёвку (или, возможно, она не высохла полностью), возможно, в местах, где она была толще, она изменила цвет краски. Если через пару дней после высыхания краски/шпатлёвки участок всё ещё темнее, я бы загрунтовал эти участки и перекрасил их. Будем надеяться, что вы сможете использовать тот же валик и добиться хорошего совпадения текстур, чтобы вам не пришлось перекрашивать всю стену.

Довольно распространённая проблема. Шпаклёвка впитывает больше влаги, чем другие окрашенные поверхности, и имеет более светлый оттенок. Быстро нанесите кистью краску на проблемные участки, дайте ей высохнуть, а затем нанесите второй слой на всю стену. Должно помочь. Удачи.