При укладке шпунтованной фанеры на черновой пол из досок 1x6 нужно ли располагать её так, чтобы волокна были перпендикулярны балкам перекрытия или доскам 1x6 под ними?

Во-первых, если у вас более тонкие доски для чернового пола, следующий слой должен быть перпендикулярным. Неважно, в какую сторону направлены лаги, если речь идёт о двух слоях. Шурупы для настила тоже кажутся немного длинноватыми. Если вы крепите их к лагам, я ничего не понимаю.

Лично я считаю, что для чернового пола достаточно досок 1x6. Если бы мне пришлось это делать, я бы склеил и сшил доски чернового пола.

Я бы заменил все гвозди, которыми крепятся доски 1X6, убедившись, что острие гвоздя вошло в новую древесину, и утопив шляпку гвоздя в поверхность, нанеся несколько последних ударов молотком под углом, чтобы шляпка гвоздя оставила вмятину в древесине.
Если гвозди забиты плотно, это должно устранить возможный скрип пола, но для надёжности добавьте шуруп между всеми гвоздями. Не добавляйте больше шурупов, чтобы не расколоть верхнюю часть балок. Поэтому, если есть возможность, вкручивайте шурупы под углом, чтобы они шли не в том же направлении, что и другие гвозди. Это незначительная деталь, но я бы так и сделал.

После того как существующий черновой пол будет закреплён, сделайте всё возможное, чтобы стыки T&G располагались ближе к центру доски 1X6, а фанера была уложена в том же направлении, что и доска 1X6, перпендикулярно балкам.

На мой взгляд, 3/4 дюйма в сочетании с существующим 1X6 — это перебор для комбинации черновой пол/подложка, если только вы не укладываете плитку. 5/8 дюйма T&G будет намного легче поднять наверх, и при этом она будет выполнять функцию T&G, что хорошо. При минималистичном подходе отлично подойдёт фанера толщиной 1/2 дюйма для подложки с заново закреплённым 1X6. Обязательно убедитесь, что она ломается по центру 1X6. Если это не так, обрежьте её. Я имею в виду фанеру, не относящуюся к T&G, так что если вы отделите от неё пару дюймов, это не имеет значения. Важно, чтобы она ломалась по всей длине 1X6. После этого закрепите её шурупами 1 1/4 дюйма или 1 5/8 дюйма на сетке 8 дюймов и строительным клеем. По какой бы то ни было причине нет необходимости в винтах диаметром 3 1/2 дюйма. Возможно, можно использовать винты диаметром 2 1/2 дюйма в некоторых местах на балках, но помните о том, что было сказано о слишком большом количестве креплений в верхней части балок.